天草市上島の南部に位置し、不知火海に面しています。河内、古江、内田、湯船原、馬場の5地区からなります。市内の中で一番面積が狭く、人口も少ない地域になり、中心部にはのどかな田園風景が続いています。町を一望できるカヤツ丸展望台からは、天気が良ければ鹿児島方面も眺めることができます。また、栖本町では、昔から河童の伝説が有名で、河童をモチーフにまち興しを行っており、町のあちこちに河童の石像があります。小中学校は、天草市立栖本小学校、天草市立栖本中学校があります。