天草市下島の最南端に位置しており、三方を海で囲まれた漁師町です。牛深町、久玉町、魚貫町、深海町、二浦町の5つの地区からなります。牛深の海には、色とりどりのサンゴ礁が群生し、素晴らしい景観が広がっているため、グラスボートやダイビングなども人気です。また、牛深湾に架かる全長883mのハイヤ大橋があります。ハイヤ大橋の由来でもあり、天草の春を彩る牛深ハイヤ祭りは、毎年多くの観客で賑わいます。牛深港からはフェリーで鹿児島県の長島町まで30分程度で移動が可能です。

小中学校は、天草市立牛深小学校、天草市立牛深東小学校、天草市立牛深中学校、天草市立牛深東中学校があります。高校は、熊本県立牛深高校があります。